En 1992 participó en Usenet en un encendido debate con Linus Torvalds, el creador de Linux, sobre los méritos de la idea de Linus de utilizar un núcleo monolítico en vez de los diseños basados en un micronúcleo que Tanenbaum creía que serían la base de los sistemas operativos futuros. Dicho debate se originó en el grupo de noticias comp.os.minix cuando Andrew envió un mensaje con el título LINUX is obsolete (en español, LINUX es obsoleto).
Tanenbaum es el autor, junto a otros miembros de la Universidad Libre de Ámsterdam, del sistema operativo distribuido de investigación Amoeba, basado en una arquitectura de micronúcleo. Tanenbaum también es el creador de Globe, un software que provee una infraestructura para un sistema distribuido a nivel mundial
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